W Samodzielnym Publicznym Zakładzie Opieki Zdrowotnej Szpitalu Specjalistycznym MSWiA w Otwocku prowadzone są następujące rejestry:
- Rejestr Umów
- Rejestr Upoważnień
- Rejestr Zarządzeń Wewnętrznych Dyrektora Szpitala
- Rejestr osób przyjętych do szpitala psychiatrycznego
- Księga główna przyjęć i wypisów
- Księgi chorych oddziałów
- Księgi przyjęć (ambulatoryjnych)
- Księgi odmów przyjęć i porad
- Księga zabiegów
- Księgi raportów lekarskich
- Księgi raportów pielęgniarskich
- Listy osób oczekujących na udzielenie świadczenia
- Rejestr zbiorów danych osobowych.